그러나 교원확보율, 취업률, 학생충원율 등 성과 위주의 평가지표는 지역별 대학 간 격차를 늘리고, 비정년트랙 전임교원 채용을 늘리는 등 오히려 대학발전을 저해하고 있는 것으로 나타났다. 12개 재정지원사업을 분석해보면, 가장 많이 활용된 평가지표는 교원확보율 또는 교원 1인당 학생 수로, 모두 11개 재정지원사업에 포함됐다.
여러 재정지원사업에서 특정 평가지표가 중복적으로 적용되는 것은 특정 지표에 따라 대학 줄 세우기가 될 가능성이 크고, 대학의 자율적 운영을 저해할 우려가 있다. 또 재정지원사업이 내세운 다양한 목표도 무색해질 우려가 있다.
교육부는 비정년트랙교원 채용급증, 취업률 및 충원율 대학 간 양극화 심화 등의 문제가 제기되자 일부 재정지원사업에서 교원급여 수준 평가지표를 삽입하고, 취업률, 충원율 지표를 수도권과 지방대학을 나눠 평가하는 등의 보완책을 도입했다. 그러나 이러한 수정보완책은 일부 평가지표 또는 일부 재정지원사업에서만 이뤄지고 있어 앞서 나타난 문제를 완전히 해소하기에는 미흡한 점이 있다.
대학재정지원 평가지표는 성과 위주가 아닌, 지원과 육성을 위한 평가지표가 돼야 한다. 특수목적지원사업이 가시적 성과 위주의 대학운영 방식을 유도하고, 재정지원의 부익부 빈익빈을 초래한 점을 감안, 정책의 변화는 바람직하다고 볼 수 있다. 그러나 선별지원에서 다수대학을 지원하는 방식의 전환뿐만 아니라 대학이 안정적으로 질적 발전을 추구할 수 있도록 성과 위주의 평가지표보다 지원과 육성을 전제로 재정지원사업의 설계가 필요하다.
